Karlito a écrit:
Sur la mutation de la version EU qui pourrait expliquer la virulence du truc chez nous :
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.29.069054v1.fullC'est plutôt un article (intéressant) sur les logiciels utilisés pour lire les séquences du virus et les bases de données pour stocker les séquences (un "pipeline" c'est ça). Mais l'introduction synthétise bien d'autres recherches sur l'aspect proprement épidémiologique.
Ce qui est intéressant c'est que ces outils (pas forcement inaccessibles, ils utilisent R pour l'aspect statistique de leur papier qui est gratuit et plutôt pour des PC - et plutôt lent, mais leur problème est surtout un problème de visualisation d'une image finalement, ils sont aussi dans une phase de prototypage) affichent le génome en 3D (c'était un problème il y a 5-6 ans où la plupart des bases
de données stockaientt le génome sous forme plane, exactement comme un ruban de code informatique - ce que cela n'est pas) car c'est apparemment la forme du génome qui impacte les mutations (les zones les plus périphériques étant le plus exposées au mutations). Ils ont l'air de faire l'alignement (l'étalonnage pour la comparaison, un peu comme le montage d'un film pellicule) des séquences sur des critères spatiaux et morphologiques (spike) plutôt que sur la seule correspondance des séquences avec leurs 4 bases (cette dernière est plus facile informatiquement car c'est pratiquement un problème de reconnaissance de motifs dans un texte, familier depuis les débuts de l'informatique). Cette forme a aussi une influence sur la capacité du virus à pénétrer dans une cellule.
Ils disent que le virus est peu divers (neuf et participe d'une souche dans doute commune) mais mute rapidement. Lorsqu'il apparaît sur un territoire ils ne savent pas vraiment s'il est importé par des personnes confrontées à des mutations récentes (locales) ou par d'autres plus originaires par des personnes qui voyagent sur de plus grandes distances (ce qui est emmerdant pour mettre au point la vaccin).
Et apparemment la Belgique a une mutation bien spécifique par recombination, c'est à dire échange de parties de séquences entre deux génomes, dans leurs données. L'article suggère que les mêmes personnes ont été infectées plusieurs fois. C' est donc un signe d'échec du confinement ... on peut repérer les défaillances du confinement dans le génome. Cela rend aussi le virus plus contagieux (il cumule plusieurs mutations avantageuses du point de vue de la sélection, on crée de la diversité écologique là où il n'en faut pas).
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On voit bien ici à quel point le confinement se justifie pour faciliter l'étude génétique du virus (et augmenter les chances d'aboutir à un vaccin). C'est un aspect que n'ont pas à l'esprit les journalistes (comme Jean Quatremer récemment) qui comparent avec la grippe espagnole, alors que ces outils n'existaient pas. Ce n'est pas juste une question de dire que l'on bloque les personnes économiquement productives pour une maladie qui ne les concerne pas (si le virus continue à muter cela pourrait changer).
Ils ont l'air d'être tombé sur la recombination sans vraiment la rechercher, en se focalisant plutôt sur la mise au point informatique du pipeline à partir de données test (publiques et gratuites)
C'est aussi un bon plaidoyer pour l'usage de bases de données scientifiques internationales et gratuites (et pas trop complexes techniquement... c'est une chose d'insérer les données dedans mais il faut aussi pouvoir les sortir rapidement).
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